Ciemność zapanowała w Nowym Jorku, bo Shredder i jego Klan Stopy trzymają wszystkich w ryzach - od policji po polityków. Przyszłość wygląda ponuro, gdy nagle spod ziemi wyrastają czterej niezwykli bracia - Wojownicze Żółwie Ninja. Muszą współpracować z dziennikarką April O'Neil...
Cztery małe żółwiki i szczur pod wpływem kontaktu z żelem zwanym Ooze mutują, rosną i chodzą jak ludzie. Szczur, który kiedyś obserwował wschodnie sztuki walki uczy żółwie jak walczyć i posługiwać się bronią. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje umiejętności. Miasto popada...
Wojownicze Żółwie Ninja powracają po latach nieobecności na dużym ekranie. Po pokonaniu starego wroga, Shreddera, rodzina żółwi zaczyna się rozpadać. Niepokój Splintera wzmagają dziwne wydarzenia do jakich dochodzi w Nowym Jorku. Przemysłowiec Max Winters po postrzeleniu staje się...
Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.
